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李自成雕像
一、医学和考古证据：明末确实发生了鼠疫病原体与症状吻合。史料显示，当时北京很多人出现的 “疙瘩瘟”（淋巴结肿大）、“呕血如西瓜水” 等症状，与腺鼠疫、肺鼠疫的临床表现完全吻合。现代考古在山西大顺军万人坑的骸骨中，已检测到鼠疫杆菌的DNA，直接证实了疫情的存在。考古检测的明末鼠疫的病原体为鼠疫耶尔森菌（Yersinia pestis），与欧洲中世纪黑死病（14 世纪大流行）的病原体一致。传播路径与生态背景。 鼠疫起源于山西，因明末 “小冰河时期” 的干旱和生态破坏（如过度开垦导致鼠类栖息地压缩），通过难民迁徙和鼠群迁移扩散至华北。崇祯十六年（1643 年），北京进入疫情爆发期，每日死亡人数达万人，全城死亡率超过 40%，甚至出现 “十室九空”“户丁尽绝” 的惨状。二、鼠疫的影响：对明朝有致命打击，但是对李自成也有反噬
鼠疫对明朝军队的战斗力影响非常大，具体表现为：
守军战斗力崩溃。北京守军在疫情中损失惨重。据《明史纪事本末》记载，京城 15 万 4 千个城墙垛口，仅剩下 “羸弱五六万人” 防守，且士兵 “鸠形鹄面，充数而已”，连基本的站立都困难。御林军因感染鼠疫，“衣甲器械，尽为虚设”，根本无法组织有效抵抗。社会秩序瓦解。疫情导致北京城内人心惶惶，官员逃亡、市民避疫，连崇祯皇帝都 “求神问卜” 却无济于事。李自成进城时，面对的实际上是一座 “人鬼错杂，日暮人不敢行” 的死城。这种社会瘫痪状态，使得大顺军几乎未遇抵抗就占领了京城。
在李自成进攻北京途中，发生了多起直接投降的事件。在居庸关，监军太监杜之秩、总兵唐通不战而降；真定（今河北正定）太守邱茂华、游击谢素福出降，大学士李建泰在保定投降；北京守城太监曹化淳打开外城西侧的广宁门，使农民军突破外城；兵部尚书张缙彦主动打开正阳门，直接导致内城被攻破。虽然这些人有贪生怕死的成分，但是明军战斗力的羸弱也是一个重要原因，直接导致这些人认为抵抗无望。
崇祯女儿长平公主，被崇祯断一臂
鼠疫不仅对明军造成影响，随着李自成占领北京，也对李自成的军队造成了反噬：
历史学界有部分的观点，认为确实是鼠疫造成了明朝的灭亡。例如，上海交通大学曹树基教授等学者通过地方志和医学史研究，提出 “老鼠亡明” 的观点，认为鼠疫是明朝灭亡的直接推手之一；美国汉学家彭慕兰（Kenneth Pomeranz）在《大分流》中也指出，鼠疫削弱了明朝的军事动员能力，间接促成了清朝的崛起。
不过也有学者认为，明朝之所以灭亡，还是因为其内部本身的问题太多了。这个王朝运转了快300年了，官员腐败、土地兼并严重、民不聊生，是已经到了该改朝换代的时候了；而鼠疫只是一个恰好的推手而已。
但是对于李自成后面的失败，史学家则不太认可是鼠疫造成的。大家更多的认为：大顺军进京后迅速腐败，拷掠官员、丧失民心，这才是其溃败的主要原因；吴三桂引清军入关，并非单纯因 “冲冠一怒为红颜”，而是权衡了投降李自成政权的收益才做出的决策，是李自成失败的关键原因。
漫画：李自成进京后的乱象
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